Il se compose du Président du Conseil d’Administration et de sept membres représentants les cinq sous-régions du continent africain, du représentant du Maroc (pays hôte) et du Directeur Général. Son rôle consiste à étudier et à faire des recommandations sur les documents à soumettre au Conseil d’Administration.
Les nouveaux membres du Comité Exécutif du CAFRAD pour une période de trois ans 2015 / 2017 :
| Afrique de l’Ouest : | Guinée Bissau, Nigéria et Togo |
| Afrique de l’Est : | Soudan |
| Afrique Centrale : | République Démocratique du Congo et Gabon |
| Afrique Australe : | Afrique du Sud |
| Afrique du Nord : | Tunisie |
Le Maroc (pays hôte) : Membre permanent au Comité Exécutif.